Le sue origini risalgono addirittura al Protovillanoviano (1150-1000 a.C.) quando sul colle di San Pietro si insediò il primo nucleo abitato. Tuscania viene citata per la prima volta da Plinio il Vecchio che chiama i suoi abitanti Tuscanienses. In seguito l'abitato etrusco si sovrappose a precedenti strutture abitative, sviluppandosi in due fasi riconducibili all'età arcaica e a quella ellenistica come documentato dalle necropoli a Pian di Mola, Peschiera, Ara del Tufo, Sasso Pizzuto ecc. Si tratta di testimonianze che confermano floride situazioni economiche e sociali, favorite dalla felice posizione di uno dei più importanti crocevia dell'Etruria interna. A differenza di altre località, la conquista romana non provocò drammatici sconvolgimenti, il tracciato della via Clodia consolida l'importanza del sito collegandolo con Roma e Saturnia e nel 90 a.C. la città venne eretta a municipio. I secoli che seguirono videro uno spopolamento del colle dovuto alle invasioni barbariche; nel 574 fu occupata dai longobardi che la dominarono per due secoli. Il colle si ripopolò nell'VIII secolo e vide il rifiorire delle attività con nuove abitazioni e, soprattutto, con la costruzione di chiese e della cinta muraria. Nel XIII secolo l'abitato divenne libero comune, si ingrandisce occupando l'area del colle di Rivellino e amplia le chiese già esistenti.
Nel Trecento Tuscania conobbe aspre contese tra la Santa Sede e i Prefetti di Vico. Le vicende storiche si intrecciano con episodi di ribellione contro il potere di varie signorie (Paolo Orsini, Angelo Tartaglia, e Francesco Sforza ) a qui si contrapposero gli interventi armati del cardinale Vitelleschi che nel 1443 restituì la città al potere della Chiesa. L'assedio e il saccheggio del 1495 di Carlo VIII e le truppe francesi decretò l'abbandono definitivo dei colli. I secoli successivi scorsero senza fatti di grande rilievo fino al 1831, quando Tuscania si fece conoscere tramite la famiglia Campanari per il gran numero di manufatti etruschi ritrovati e dispersi nei musei e collezioni private d'Europa. L'annessione al Regno d'Italia avvenne nel 1870 con l'entrata in città di Nino Bixio che scacciò la delegazione pontificia. Nel 1971 il centro storico subě un violento terremoto che fece gravi danni. Una rapida opera di ristrutturazione lo ha restituito più bello di prima, tanto che oggi Tuscania è una delle più affascinanti mete turistiche dell'Etruria viterbese.


